Evropská komise zatím nerozhodla o vyloučení Agrofertu z unijního financování, její přerušení proplácení části dotací je podle ministra zemědělství Martina Šebestyána (za SPD) prozatímním procesním krokem. Komise v září na šest měsíců přerušila lhůtu pro proplacení 3,18 milionu eur, tedy zhruba 77 milionů korun, z Evropského zemědělského fondu pro rozvoj venkova (EAFRD). Důvodem je podle EK nedostatečné řešení možného střetu zájmů českého premiéra Andreje Babiše (ANO).